Meginsvið starfsemi Göngudeildar sóttvarna eru berklavarnir, tóbaksvarnir, ferðamannaheilsuvernd og heilbrigðisskoðun innflytjenda frá löndum utan Evrópska efnahagssvæðisins.
Áherslur berklavarna eru að greina og meðhöndla tilfelli þar sem berklagrunur hefur komið upp, kanna smitferli og beita varnandi meðferð þar sem við á.
Unnið er að tóbaksvörnum í samvinnu við heilbrigðisyfirvöld, fjölmiðla og frjáls félagasamtök. Námskeið eru haldin reglulega að vetrarlagi.